El IFEA cuenta actualmente con un director, veinticinco investigadores y un equipo administrativo y de apoyo a la investigación de nueve personas. Los investigadores pertenecen al IFEA por períodos de uno a cuatro años. El consejo científico del Polo América (IFEA y Centro Francés de Estudios Mexicanos y Centroamericanos - CEMCA) se reúne anualmente, analiza los programas, la política científica del IFEA y elige a los nuevos investigadores.
Sitio de avanzada en los Andes de la comunidad científica francesa, más de 50 investigadores y universitarios franceses están asociados al IFEA y son acogidos regularmente. La colaboración con los científicos locales se establece desde la concepción de los programas, prosigue con la realización conjunta de éstos y conduce a publicaciones científicas conjuntas. Esta colaboración estrecha también se manifiesta en la acogida de becarios andinos y la coedición de libros (Travaux de l'IFEA, Biblioteca Andina de Bolsillo, Actes & Mémoires).