Este programa agrupa las investigaciones que se refieren al estudio de las faunas endémicas de los Andes, desde tiempos remotos hasta el día de hoy.
Por un lado, los estudios paleontológicos llevados a cabo por investigadores del IFEA buscan reconstituir la historia evolutiva de los ecosistemas andinos a partir del estudio anatómico de los restos fósiles de las especies descubiertas. Sus análisis e interpretación permiten entender las características faunísticas, paleoambientales y paleoclimaticas de los Andes en diferentes épocas lejanas.
Por otro lado, el IFEA apoya investigaciones para conservar el patrimonio genético de especies domesticas endémicas de los Andes. El Cuy es la especie modelo de este programa a través de dos estudios complementarios. El primero es un estudio filogenético, mediante el análisis del ADN mitocondrial de cuyes silvestres y domésticos, que busca establecer el proceso de domesticación de dicha especie e identificar cuales son los animales domésticos actuales los mas cercanos a los silvestres. El segundo estudio tiene como meta establecer un protocolo de cryoconservación de embriones de cuyes con el fin de crear un banco genético conservando los especimenes identificados como origíneles por el primer estudio.
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