Desde hace 23 años, la biblioteca es una herramienta irremplazable para la difusión de los conocimientos y para la formación. Su fondo es utilizado por investigadores, docentes, estudiantes universitarios y graduados, tanto nacionales como extranjeros.

La temática de la colección es multidisciplinaria y se relaciona principalmente con el área andina. Las disciplinas más representativas son: la arqueología, la historia, la etnología, la antropología, la sociología, y la geografía. Asimismo cuenta con una importante colección en el área de geología, paleontología y ciencias naturales (Agricultura). La biblioteca alberga también dos interesantes colecciones: alrededor de 900 documentos sobre biomedicina de altura y 1362 tesis presentadas en Francia sobre América Latina en microfichas.

Cerca de 78 000 volúmenes constituyen el fondo de la Biblioteca, entre ellos 35 000 libros y separatas y alrededor de 1700 títulos de revistas, de los cuales 300 se reciben en permanencia. Cuenta además con 1500 mapas referidos especialmente a Perú, Ecuador, Bolivia y Colombia. Su incremento anual (por canje, donaciones y compras) es en promedio 1000 libros y 1200 volúmenes de revistas.

La Biblioteca mantiene alrededor de 300 canjes con universidades, centros de investigación e investigadores de varios países, principalmente de América Latina. Es igualmente depositaria de importantes donaciones como la del Instituto (francés) de la Investigación Científica (IRD) en Perú y las colecciones particulares del arqueólogo Frédéric Engel y el sociólogo François Bourricaud.

Desde el año 2002 el IFEA participa de dos importantes proyectos de Biblioteca Digital: la Biblioteca Digital Andina y la Red de Revistas Científicas de América Latina y el Caribe en Ciencias Sociales y Humanidades ( RedAlyC).